Synagoga zamojska powstała w 1. połowie XVII wieku. Świątynia składa się z wysokiej głównej sali modlitw oraz dwóch niższych sal – tak zwanych babińców, przeznaczonych dla kobiet. Sklepienie oraz ściany ozdobiono dekoracją sztukatorską w typie lubelskim. We wnętrzu zachowała się szafa ołtarzowa (aron ha-kodesz), służąca do przechowywania Tory. Budowlę wieńczy renesansowa attyka.
Podczas II wojny światowej synagoga została zdewastowana. Powojenne prace remontowe obejmowały między innymi rekonstrukcję południowego babińca, attyki oraz przebudowę dachu.
Obecnie w budynku mieści się nowoczesny ośrodek kultury Centrum „Synagoga”. W gmachu działa punkt informacji turystycznej i kulturalnej Szlaku Chasydzkiego oraz Multimedialne Muzeum Historii Żydów Zamościa i okolic. Synagoga wciąż pełni funkcje religijne.
