Kodeńską bazylikę wybudowano w 1. połowie XVII wieku z fundacji księcia Mikołaja Sapiehy. Projekt kościoła przypisywany jest słynnemu lubelskiemu muratorowi Janowi Cangerle. Wewnątrz zachwycają sztukaterie w typie renesansu lubelskiego, zdobiące kopułę oraz sklepienia kaplic, prezbiterium i nawy. Barokowa fasada pochodzi z początku XVIII wieku.
Wiernych przyciąga słynący z cudów obraz Matki Bożej Gregoriańskiej zwanej także Matką Bożą Kodeńską – Królową Podlasia, sprowadzony do Kodnia w 1631 roku. Obraz pochodzi z kaplicy papieskiej w Rzymie. W latach 1875 – 1917 kościół pełnił funkcję cerkwi prawosławnej.
Po zwróceniu świątyni katolikom, w 1923 roku podniesiono ją do godności Bazyliki Mniejszej.
Za kościołem, w klasztorze Misjonarzy Oblatów, zorganizowano Muzeum Ornitologiczno-Misyjne.